中心实行"学术引领、协同治理、开放合作"的运行机制，设立三大平台，由中心主任郝建萍教授统筹发展规划，依托国内外多方专家力量与合作伙伴网络，共同推动科研创新、平台建设和国际合作。
从科学发现，到临床与社区服务，再到标准与全球传播
建立全国公认的跨学科研究与创新平台，通过合作研究、人工智能、转化康复和循证临床创新推动孤独症科学发展，为中心奠定科研基础。平台负责产生推动中心研究议程的科学证据和创新技术，围绕核心科学问题重点突破发展机制、AI 数字表型、精准干预及实施科学。
将研究发现转化为可持续的临床、家庭和社区实践，以临床实证为基础构建"临床服务—数据采集—科研创新—循证实践"闭环，提供循证的、以家庭为中心的、贯穿全生命周期的孤独症服务，并形成可在区域和全国推广的可扩展服务模式。
通过标准建设、专业教育和国际合作促进科研成果的规范化推广与持续应用，推动形成具有国际影响力的知识传播、人才培养和协同创新体系，促进不同社区间公平、高质量的服务。
纳入康复大学"十五五"发展规划与学科建设重点工程，由学校层面统筹协调资源配置。
面向全球招聘孤独症研究领军人才与青年学者，依托联合培养博士研究生机制培育拔尖创新人才。
依托 11 个省部级科研平台、4 所附属医院临床资源与大型仪器设备，提供科研与临床支撑。
依托康复国际全球孤独症研究中心与全球合作研究中心的国际网络，参与全球孤独症研究治理与标准制定。
形成国际竞争力研究方向，建立全生命周期临床转化与社区服务网络，发布循证标准，成为国际合作与专业教育枢纽。